干扰素有多种亚型，包括18种α、一种β、一种γ和一种ω。目前在我国广泛使用的主要是α1和α2干扰素，包括α1b、α2a和α2b干扰素。
不同亚型α干扰素的抗病毒活性不同
1. 同一病毒在不同细胞中诱生的α型干扰素的亚型种类有很大差异，反映了不同细胞干扰素反应的生理功能。仙台病毒在人白细胞中诱生的干扰素，以α1为主，其次为α2，并有少量的 α14，而同一病毒在类淋巴母细胞中诱生的干扰素，却以α2为主， α1为次，无α14；从急性髓母细胞性白血病患者提取的白细胞，诱生的干扰素亚型又大不相同。主要是α2和α14，比α1的转录物高2～3倍；仙台病毒在人单核细胞中诱生的干扰素主要是 α8(α8)。
2. α干扰素的不同亚型在不同细胞培养上表现不同的抗病毒活性。
3. 不同α干扰素亚型对不同病毒的敏感性不同。
4. Zoon K等从自然的类淋巴母细胞干扰素中分离出18种α干扰素，比较了它们的诱导IL-1的能力，在单核细胞中的细胞毒活性，增强NK细胞的活力和Ⅰ型HLA在HL-60细胞上的表达。结果，不同 α干扰素对上述4种活性的差别很大。例如蛋白4可以大量诱生IL-1，而蛋白14却基本无此活性。
5. 不同的重组a干扰素对NK细胞的促进作用有90倍的差异，其中 α8(B)，α2(A)，α1(D)，αC较高，α6(K)，αF较低，α7(J)最低。
6. α干扰素受体的研究也支持α干扰素的不同亚型有不同的生理功能。因为干扰素与干扰素受体的结合还需要一种辅助因子（Cofactor）。由于干扰素作用发挥的第一步要与其相应的受体相结合，所以这一辅助因子是不同亚型干扰素具有不同性质的分子基础。
由此可见，不同亚型的α干扰素在体外对不同的细胞、对不同的病毒所产生的抗病毒作用是不同的。但亚型接近的干扰素如干扰素a2a和a2b结构上差别极小（仅相差一个氨基酸），在体外的抗病毒活性相同，例如体外测定它们抑制VSV病毒对WISH细胞病变的活力相同。
